A Área Protegida do Guadiana é uma zona que se estendem ao longo das margens do rio Guadiana e dos seus afluentes, desde a zona de Serpa até perto de Castro Marim, e desde sul do Almodôvar até à fronteira com Espanha.

Uma grande parte desta referência coincide com as referências CTFF-0014 e CTFF-0884, sendo esta menor em área com 38,021.07 ha.